1625年颜思齐死，芝龙结合诸海盗领，号称十八芝，拥有当时福建沿海实力强大的一支武力及商业团队，领导海贼数万人，经营走私与劫掠事业，横行于台湾海峡。当时泉州府同安知县写给福建巡抚的书说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水，而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”
1628年，受福建巡抚熊灿招安，成为官员，率领原部，为明廷守备沿海以防海盗倭寇和荷兰人进攻，率军讨伐其他昔日结拜契兄弟海盗力量，包括李魁奇、钟斌，官至总兵。不久便返回福建泉州南安老家，成为当地富，也是少数迎娶了日本人却仍能正式返回国内地的海盗。
1633年芝龙于福建沿海金门海战击溃荷属东印公司舰队，从此控制海路、收取各国商船舶靠费用，郑芝龙也因此迅速富可倾国。俨然称为闽南的领主与海上霸主，并对缴保护费给芝龙的商船，给予郑家的令旗；如不缴费而想经过芝龙海域的，恐怕难逃被劫的命运。芝龙如此强横，使荷兰东印公司营运不宁，荷兰人数联合其他势力合取芝龙，但芝龙仍持续扩张其势力，并将荷兰人次次打败。
不久，郑芝龙应明朝廷要求，继续率军讨伐其他昔日结拜契兄弟海盗仅存大股力量刘香，于虎门大获全胜，名震福建官至都督。不久福建省内生旱灾，郑芝龙提议载饥民移民台湾，并给予移民十分优惠的资助条件，有人认为其为开创了大规模移民台湾之先河。
如果武昊不出现，那么不久之后，南明弘光皇帝册封郑芝龙为南安伯，福建总镇，负责福建全省的抗清军务。
无论是左良玉，还是郑芝龙，都是武昊收服的对象。左良玉，不值得一提。郑芝龙，可谓大材，不过，武昊是不可能允许这股处于半**的势力继续存，他们必须接受大明朝廷的整编，改造为未来的大明朝海军。其控制的海上贸易，也要交给朝廷，设立海关，征收赋税。
当然，武昊知道就算郑芝龙会同意，他的势力的既得利益者，也不会同意的。利益之下，人是什么事情都会做出来的。
二是农民军集团。
现除了京城外已经整顿完毕的李自成的大军外，剩下的就是以张献忠为代表的大农民武装了。
崇祯十年据武昌，称大西王。不久克长沙，宣布免征三年钱粮，从者愈众。
之后的历史，崇祯十七年8月9日攻破CD，巡府龙光，蜀王武至澍及其嫔妃全部自杀身亡，其他官员当了俘虏。义军进入CD号称60万大军，很快控制了四川大部分地区的州、县，CD，张献忠先号称秦王，接着宣告建立大西国，改元大顺。建立健全制，后称帝，以CD为西京，8月16日登基皇位。
张献忠四川确有许多难解之谜，大的谜可能要算所谓的“张献忠剿四川”了。
近年来有许多史学家都惊奇地现，没有哪个四川人是土生土长的，几乎都是“湖广填四川”，从外省迁来的。明末清初，确实出现过人口大量骤减的事实。难怪当时的民谚这样说：“岁逢甲乙丙，此地血流红”，“流流贼，贼流流，上界差他斩人头。若有一人斩不，行瘟使者后头。”难道真是张献忠把四川人杀光了吗？
清朝期间所编撰的“史料”以及一些“记录”等都把大屠杀的责任归于张献忠。由于清朝的统治延续了两七十多年，以至绝大多数人都对此深信不疑。连鲁迅先生也曾批判过张献忠是“专‘为杀人而杀人’”。
其实，只要仔细查看一下清兵侵入四川的那段历史，真相不难知晓。1646年，也即满清入关後第三个年头，满清即宣布张献忠已被战死，并宣称“破一白三十余营。平四川”，即宣布四川平定。
然而事实并非如此。满清攻陷渝城，是十三年後的1659年。
因此对四川人民的这种顽强不屈的抵抗，清军采取了彻底屠杀的办法作为报复。即不论是“张贼”，还是无辜的平民，一律斩杀。
“民·贼相混，玉石难分。或屠全城，或屠男而留女”---这是1649年满清出的公告
这种残忍的镇压方式，找书苑 wｗw.zhaoshｕyuan.com 四川竟然持续了很长时间。为了隐瞒真相、欺骗国人，满清居然把他们自己干的这些大屠杀全部栽赃给张献忠！
试想，假如张献忠真如满清鞑虏所宣传的那样，“是一个疯狂的杀人魔王。四川交通可达的人烟稠密之处，差不多被他杀绝”，那麽，几乎没有人烟的四川，何能抵抗十多年？
已经到了“弥望千里，绝无人烟”的地步，何需“劳驾”鞑虏们花费十多年时间去平定？
这不是明显的矛盾嘛。四川人民的反清活动被残忍地镇压後，的确是到了“弥望千里，绝无人烟”的地步。清廷不得不迁移湖广的人口至四川。造成这种惨状的不正是鞑虏们吗？可见当时的鞑虏们不仅穷凶极恶、而且栽赃的手法也卑鄙至极。
当然越是夸张和宣传张献忠的“屠杀”，就越能证明真正的刽子手们的行为是“正义”的。这是小学生都知道的道理。满清统治了两多年，战败一方的记录早就被毁灭或被篡改，留下的只是有利于自己的“记录”和当时的宣传，这样的“历史”代代相传，两年後的姓也就很自然地信了。
如上面的例子，还是可以从满清自己的记录里找到矛盾的地方，从而还回历史的真面目。也有後来的出土物戳穿了当时满清所制造的、流传两多年的谎言。
而武昊后来对于张献忠部的探查，也证明了这一点儿，至少，张献忠不是个嗜杀之人。否则，人都杀了，谁还跟着他当兵？！人都杀了，赋税哪里来？光靠抢，就能称王称霸？
