让碇源渡等人万万没想到的是，他们自灵核内获取的信息居然是关于未来的模糊片段。虽然是残缺严重的影像，不过仍然能依稀辨认出那是发生在第三新东京的事情，这很容易从那高耸的建筑群判断出来。场景和当时的第三新东京模拟效果图一模一样。
而且那个时间段正好是使徒入侵的时候。影像中那巨大的怪兽身影可不像是假的。
还让他们感到诧异的是，他们整理后发现，影像是自碇真嗣来到第三新东京的那一刻开始，到人类补完计划完成结束。期间存在很多重复但细节上又有众多不同的影像。就连出现的使徒数量也存在很大的疑问。
而随着细节的不同，影像的结局就有了很大的差距。比如，其中一个结局就是seele的人类补完计划发动，人类和莉莉丝融为一体，地球文明灭绝。又有另一个结局，真嗣在最后时刻认清自我，明心见性，所以只有他和明日香两个人生存了下来，人类唯二的幸存者。
总之，根据真嗣的成长和心理状态，未来的世界演化出了众多的不同结局。但无一例外的，这些结局对于人类来说并不理想。无论他怎么选择，人类的文明总是难逃一劫。
这就好像是一个带有恶意的设计者制作出的‘治（致）愈（郁）系’游戏，根据玩家的选择存在众多不同的结局。但无论哪个结局，打出来后都能让玩家感到郁闷非常。而且这个游戏的难度也非同小可，在不开修改器，不能时刻存档的情况下，想要一命通关其难度等同于单枪匹马去刺杀美国总统。
现在碇源渡等人面临的问题是，世界在那段时间内陷入了某种死循环。好比一个患有强迫症的玩家为了打出完美结局，一次又一次的回档，重开游戏。关键的问题是，这个完美结局，真的存在吗？如果不存在的话，整个世界就再也没有未来可言了。
影像中还有一点让碇源渡他们感到惊讶的是，他们发现其中的某些世界线分支里，出现了一些拥有奇特能力的人类，甚至还有神话传说中的生物。例如吸血鬼、狼人、骷髅兵等等，这些绝不可能存在于世界上的怪物居然真的出现在了地球上，并且看样子还在帮助人类对付使徒。
不，在极少的一部分影像中，也有人是帮助使徒的，似乎和帮助人类的另一帮人有仇，双方见面就打，破坏力都异常的强大。这些人来历不明，就像凭空出现在这个世界一样，而且事情结束后，他们也都会神秘的消失。
这究竟是怎么回事？这些影像的解读简直让碇源渡和碇唯头大无比。后来经过一点点的分析推理，他们得出了一个惊人的结论。
似乎有某种伟大的存在，如果真有的话，那一定是比莉莉丝和亚当还要强大无数倍，已经是完全超出人类的想象范围了。这个存在截取了这个世界未来的某个时间段作为他的‘游乐场’，那些拥有各种特殊能力的人，就是它选出来的玩家。而NERV和使徒，无形中就成为了这场游戏中的NPC势力。
这一点也很容易就能判断出来，那些人的行动和神情，都是带有某种目的性，或是击杀使徒，或是保护城市，救助市民。为了这个目的，他们甚至连自己的性命都可以不要。
本来，作为游戏中的‘NPC’，碇源渡等人自然无法察觉游戏外的玩家的存在。如果没有意外的话，他们会一直身陷在这无尽的轮回中，直到那个伟大的存在厌烦了这个游戏为止。
不过让人感到庆幸的是，这个游戏看样子还不是十分的完善，因为有了灵核的出现。这个灵核的性质接近人类的灵魂，不过表现出的能力却更加高级，似乎是由灵魂凝聚而成。
灵核在影像中就存在于碇真嗣身上，依附在他的灵魂表面，忠实的记录了在碇真嗣身上所发生的全部事情。它就好像是一个病毒一样，并不受‘游戏回档’的影响。就在一次次无止境的‘游戏’中，灵核渐渐完成了和碇真嗣灵魂的融合。
在最后的一次读档中，seele的人类补完计划和碇源渡的人类补完计划同时展开，两者的冲突引爆了莉莉丝和亚当的本体，直接导致人类彻底灭亡，地球也变成了一个被咬的干干净净的‘苹果核’。而作为‘罪魁祸首’的碇真嗣，承受不了这样的心理打击，直接驾驶着已经达成究极形态的初号机冲进了GUF门扉……
由此可以推断，灵核的出现，是由于灵魂的轮回，才使得它来到了过去。而这个灵核，很显然已经融入了碇真嗣的灵魂，两者达成了一种奇妙的互补。
碇真嗣的灵魂让灵核被生命之树认可，得以进入六道轮回。而灵核的存在，也让碇真嗣的灵魂得以突破‘游戏’的桎梏，回到过去获得新生。
面对一个充满绝望的未来，碇唯并没有放弃希望。她和碇源渡开始试图寻找打破灵魂和时间的双重轮回的方法，过程中把她当初的导师——冬月给拉入进来。
而他们最终的计划，就如此刻所见，正要正式开始！
除了他们发现世界的真相外，在这个地球上，也有一些人慢慢觉察到了一些端倪。虽然和碇唯他们相比只是一点皮毛！
Seele是一个，但他们的全部精力都在死海文书以及人类补完计划中，并没有加以重视。不过为了以防万一，他们还是特意转变了自己的灵魂形态。
拥有亚当部分灵魂的渚薰也是一个，每次回档中虽然他会丢失绝大部分记忆，不过剩下的一些‘梦境碎片’还是让他隐约感觉到了轮回的存在。而拥有相似情况的凌波丽，却因为莉莉丝还在沉睡的缘故并不知道这些东西。
相关的还有加持良治和真希波，他们知道的就更加少了。真希波是自愿加入碇唯的计划中的，因为受到seele监控的关系，其实她知道的并不算多。
除了冬月，碇唯和碇源渡并没有把灵核相关的东西告诉任何人，甚至到现在为止，连碇真嗣本人都一直被蒙在鼓里。真希波隐约感觉到了碇唯他们在做什么，出乎对学姐的信任以及想要帮助学姐的希望，她心甘情愿的被碇唯利用，加入NERV成为EVA最初的一批驾驶员。这些人的结局基本不太好，真希波也是在那时候受到EVA的‘诅咒’的。
加持良治，这个男人完全是凭着敏锐的感觉和个人魅力进入NERV获得现在的身份的。过去惨痛的经历，让他失去了至亲，所以下定决心想要寻找第二次冲击背后的真相。官方的说法是陨石坠击南极，不过稍有些‘能量’的人，都能发现那不过是个谎言罢了。但在这方面，所有高层都保持缄默，没有去深究。所以普通百姓自然就被蒙在鼓中。这一点上，几乎所有的政府都会做出同样的选择吧。
没料到进入NERV后，加持良治才发现，事情远比他想象的更加庞大，也更加的扑朔迷离。EVA、使徒、seele、人类补完计划等等，都是需要他去慢慢解开谜题。之后他努力的一点点获得碇源渡的‘信任’，渐渐发现了碇源渡的神秘计划。
高飞来到初号机面前，往两边看了看，即便是闭上眼睛，他都能轻易感觉到，分别有一股巨大的AT力场自六号机和零号机身上产生出来，源源不断的提供给初号机。相比来说，人类最大的核电站的发电量都是小儿科。
如此巨大的能量传输，对于里面的驾驶员来说负担可不小，要是一个不小心的话，渚薰和凌波丽就会被AT力场所撑爆。除了这一点外，他们此刻的情况也已经是非常危险了，因为属于他们自身的AT力场都已经分别和莉莉丝、亚当的AT力场半融合了。
一旦融合完毕，找书苑 www.zhaｏshｕyuan.com 他们的自我意识就会彻底湮灭在‘神’的意识海中。这也是碇源渡为什么要对凌波丽说抱歉的原因。因为如果没有外力影响的话，凌波丽和渚薰就会因此‘死亡’。两人都没有人类的灵魂，所以碇唯的计划是无法救赎他们的。
“咖喱棒、琳芙斯，他们就拜托你们了。”高飞说着，把圣剑扔向六号机的方向，同时把文明之书小心的推向零号机而去。
咖喱棒，就是高飞对‘鸟人’‘亲切’的‘昵称’。话说，这丫一直在他的梦境里捣乱来着，到处在高飞的实验室群中乱闯乱碰，遇到感兴趣的实验项目或者实验品都要兴冲冲的上去试一下才行，引发不少思维的不满。当然，从另一方面来说，实验多了个免费的‘小白鼠’还是对高飞帮助不小的。
“就会使唤人！”咖喱棒不满的嘀咕了句，不过高飞蛮合他胃口，现在也可以说是他的半个‘伙伴’了。为了见证高飞的未来，他却是愿意一直待在高飞身边。关键的是，它的‘原主人’变成了一个永远处于保质期的可爱萝莉，能时刻见到她真是太好了！这鸟人早就把回去的事情给忘的一干二净了。
“明白，高飞，我会保护好她的安全的。你放心吧！倒是你，连念动之核都取出来了，没问题吗……”相比来说，琳芙斯就可爱的太多了，一脸担心的问道。
“不用为我担心……只是为了完成我这次的使命罢了。”高飞微笑的对着琳芙斯说道，不过眼神中却透露出异常的坚定。
