两日后，韩衍等乡绅在安庆举行议会，进行投票选举都督，张文山以三分之二的票当选都督。
张文山正式宣布就职大都督，并且在巡抚衙门设立都督府，都督府分为军务部和民政部两部分。
军务部分为参谋处，装备处，后勤处，政治处。参谋处负责收集军情和策划谋略。装备处管理军工生产和采购军火。后勤处负责调度储存物资和管理军粮军医。政治处负责军纪，选任军官，政治宣传。
民政部将分为民政厅，财政厅，人事厅，警察厅，教育厅，工商厅，农业厅，司法厅，水利厅，检查厅。各县则设立相应的部门。
张文山担任军务部部长，下设四处，由吴江担任参谋处主任，王文海当任后勤处主任，田庆担任装备处主任，齐月溪任政治处主任。
民政部部长韩衍，秘书处秘书长陈独秀，民政厅厅长李书霖，财政厅洪思亮，警察厅厅长祁耿寰，教育厅长李光炯，工商厅长章炳如，农业厅李文泰。司法厅光明甫，水利厅余力，检察厅邓绳候，法院院长李四海。
另外安徽议会会长李书霖，副议长齐月溪。议会的三百名议员全部从地方和军队中重新进行举荐。全省议会具有立法和监督行政的大权。
按照张文山的设计安徽的军务应由张文山的亲信掌握，但是安徽还有胡万泰的新军。张文山只能将安庆城防司令的位置给他。这样一来，安庆的军事力量就分成了两边对抗的局势。
民政则交给了革命党和乡绅名流共同管理。乡绅的代表李书霖则和张文山的代表齐月溪在议会达成了统一阵营。
安徽各方势力达成了妥协，共同分享安徽的军政大权。
安庆的作战部队调整为一个主力师和两个混成旅，以及警卫团。总兵力38000人。
警卫团直属于都督府，兵员从新军和皖南革命军中挑选精兵强将组成，任务是维护安庆的治安，同时保护重要的军政要员。
警卫团长是张文山的亲信蒋伟，于诚当任都督卫队长。下设三个步兵营，一个宪兵队，一个侦察连，一个机枪连。总人数一千三百人。
张文山部改编为安徽第一师，下辖四个步兵团，师属炮兵营和一个辎重营以及侦查连。另外还有铜陵芜湖两地的新兵训练营。
张青担任师长，参谋长龚振鹏。总教官李天明，一旅旅长管鹏，二旅旅长宋清明。
师属独立炮营营长王大力，辎重营营长张国栋，侦查连长唐小六。
驻省城的62标和61标新军以及炮营马队扩编为安徽第一混成旅，下辖两个步兵团和一个炮营，一个骑兵营以及工程辎重各一营。
胡万泰任旅长。顾琢塘担任副旅长。
庐州军分府的8个步兵营，一个卫兵营，一个炮兵营编成安徽第二独立混成旅，旅长孙万乘。第九团团长刘文明，第十团团长袁斗。
淮上军的18个步兵营和2个炮兵营一个马队营都被编入柏文蔚的北伐第一军第一师，正式从安庆的军政体系中脱离出来，只听从南京的临时政府指挥。师长王庆云，副师长袁家声，参谋长张汇韬。
北伐军第一师只听从同盟会孙中山的指挥，军费开支也都是在地方自筹。安徽都督府根本没有直接指挥权
在张文山看来淮上军已经尾大不掉，可以说是安徽军政府统一皖北的障碍，。
另外安徽战斗力最强的军队是胡万泰的新军改编的第一独立混成旅，全旅上下总共一万人，大部都是多年的老兵，许多人参加过清军的太湖秋操，各种火炮齐全。这只部队也是张文山掌控安庆的绊脚石。
“陈兄，如今皖北的王庆军已经是尾大不掉，胡万泰天天要饷要军械，不给就武力威胁。你说如何才能解决这些问题。真正的统一事权。”
张文山有些头疼，这个大都督职位也没那么好做。
“都督，可以用恩威并施之策，先消去他们的财权，壮大第一师用武力相威胁，再将他们调回安庆担任高位，他们的部下也要调离原职。不过当务之急是如何去除倪嗣冲的威胁，倪嗣冲盘踞颍州招兵买马其志不小啊。”
陈独秀对目前的时局也看不透，但他认为张文山掌握省政府，是占据了大义。
“我打算先下令取消各地的军分府，然后派出税务官员接管财政。在给王庆云补充一些枪支弹药，找书苑 www.zhａoshuyｕan.coｍ 让他去和北洋军较量，最好是两败俱伤。上次他败给了倪嗣冲，这回我帮他报仇的。如果他赢了，我就借机嘉奖将其调到南京去。如果输了那就别怪我不客气，夺其军权。”
张文山从书桌里拿出早已准备好的命令交给陈独秀。
陈独秀虽然觉得张文山的计策狠毒，但也知道这是最好的办法。他只能希望安徽的局势尽快平定。
庐州的孙万乘接到安庆的取消军分府的命令后，召集庐州的军政要员商议，张文山占据了安徽都督的大义名分，又手握重兵虎视眈眈。庐州以一府之地对抗省府，实在是螳螂挡车。
况且张文山还未其保留了一个混成旅的番号。
当天孙万乘致电省政府愿意取消军分府独立，接受安庆的管辖。
张文山对于孙万乘的选择并不意外，庐州是安徽唯一没有枪声就独立的城市，就是因为孙万乘并不是坚定的革命者，而是庐州士绅投机者的代表。他不愿意自己的家乡经历战火，也没胆量与安庆对立。
张文山当即下令第二独立混成旅调往芜湖宣城一代驻扎，允许其修建营房，部队扩充到5000人，并且下拨半年的军费。
张文山要求全省62县的县令长官到安庆述职，由安庆议会进行审核。倾向北洋军者，贪污渎职者一律免职。政绩聘用者调往邻县任职，避免官员与地方士绅勾结。另外从省政府中通过考试选调官员外放。
